大連花卉苗木綠化工程有限公司前身為大連市花卉苗木公司（人事局備案名稱），公司1993年2月成立，由大連市園林科研所、大連市花圃、大連市苗圃3個生產經營性事業單位從大連市園林管理處剝離，是具有獨立法人的事業單位，行政上隸屬于大連市城建局下屬的綠野集團，在大連市工商局注冊名稱為“大連花卉苗木實業發展總公司”。 1998年9月，大連花卉苗木實業發展總公司進行綜合體制改革，由差額撥款的事業單位轉為自收自支事業單位，行政上隸屬于大連市城建局。 2003年，大連花卉苗木實業發展總公司更名為大連花卉苗木綠化工程總公司。總公司除直屬行政部門外，下設6個生產經營分公司即：綠化工程公司、種苗公司、苗木公司、花卉公司、銘旗景觀設計公司（市政公用風景園林乙級資質）和金山裝飾材料市場。 2017年8月經有關部門批準，在大連市企事業單位脫鉤改制過程中，大連市花卉苗木公司（事業單位）注銷，大連花卉苗木綠化工程總公司實行企業化經營，事業單位身份人員轉為企業人員身份，實行企業化管理，主管單位為大連市城建局。 2017年12月，大連市國資委將大連花卉苗木綠化工程總公司劃轉到大連市城市建設投資集團有限公司，是市城建集團二級企業，由全民所有制企業改建為國有獨資公司。 2018年8月，經大連市國資委的批準，大連花卉苗木綠化工程總公司改建為有限公司，更名為大連花卉苗木綠化工程有限公司。改建后，大連市城鄉建設集團投資有限公司持有花木有限公司100%股權。